13 maja 1998 roku do parafii przybył ks. Arcybiskup E. Piszcz. Podczas uroczystości został odczytany Dekret z dnia 4 kwietnia 1998 roku, w którym na mocy kanonów 1230 – 1934 Kodeksu Prawa Kanonicznego zostaje powołane z dniem 13 maja 
DEKANALNE SANKTUARIUM MATKI BOŻEJ FATIMSKIEJ W KOŚCIELE BŁ KAROLINY W BISKUPCU WARMIŃSKIM
W dekrecie czytamy, że sanktuarium stanowi własność Rzymskokatolickiej Parafii po wezwaniem Błogosławionej Karoliny Kózkówny. Rektorem sanktuarium jest Proboszcz powyższej Parafii. Celem sanktuarium jest rozwijanie nabożeństwa do Matki Bożej Fatimskiej.
Podstawowymi nabożeństwami są Czuwania Fatimskie w dniu 13 od maja do października, a Pierwsze Soboty Miesiąca od listopada do kwietnia. 
Po odczytaniu Dekretu przez ks. dziekana K. Świeckiego, ks. Arcybiskup odprawił uroczystą Mszę świętą, w której współcelebransami byli Wiceoficjał Sądu Biskupiego ks. M. Dubicki, ks. A. Śniechowski pracownik Kurii Diecezji Elbląskiej oraz księża dekanalni. Msza święta zakończyła się błogosławieństwem ks. Arcybiskupa. 
W dniu 13 października 2000 roku podczas Mszy św. o godz. 18.00 została poświęcona kopia Figurki Matki Bożej Fatimskiej, która nawiedzała rodziny w parafii dla upamiętnienia Roku Jubileuszowego i pogłębienia wiary. 


Fragment pracy dyplomowej p. Bożeny Pawłowskiej
"Dzieje parafii bł. Karoliny dziewicy i męczennicy w Biskupcu" 
Olsztyn 2010, ss.47-48.