Zaznaczył, że w mieście jest kościół katolicki ale tak zniszczony, że nie nadaje się do użytkowania. Natomiast remont wiąże się z ogromnymi kosztami, a nie da się tego przeprowadzić w krótkim czasie. Dalej pisał, że nabożeństwa odbywają się w kaplicy, która nie jest w stanie wszystkich pomieścić. Spora część wiernych stoi na dziedzińcu kościelnym. By rozwiązać ten problem, starosta prosił o przekazanie świątyni ewangelickiej Kościołowi katolickiemu. Pismo zakończył słowami „[…] budynek zboru w czasie wojny został tylko nieznacznie uszkodzony i remont jego dałoby się przeprowadzić sposobem gospodarczym. Miejscowy pastor, wraz z większością swych wyznawców, uciekł przed wkroczeniem wojsk radzieckich. Obecnie w Biskupcu przebywa tylko 50 osób wyznania ewangelickiego, które nie objawiają zainteresowania opuszczonym zborem.” Świątynia Ewangelicka nie została przekazana kościołowi katolickiemu, ale użyczona wyznawcom Kościoła rzymskokatolickiego do chwili odbudowy świątyni katolickiej. Ludność rzymskokatolicka korzystała ze świątyni Kościoła ewangelicko – augsburskiego do 1950 r.
W grudniu 1952 roku została utworzona parafia ewangelicko – augsburska. Ze względu na duże zniszczenia wnętrza budowli nabożeństwa odbywały się w prywatnym mieszkaniu przy ul. Mazurskiej 26. W nabożeństwach uczestniczyło około 60 osób.
„W połowie lat sześćdziesiątych nadal dochodziło do dewastacji świątyń ewangelickich. Ciągle istniało przeświadczenie wśród mieszkańców Warmii i Mazur, że ewangelik to Niemiec a katolik to Polak. Toteż wielu odnosiło się z pogardą do tego co odnosiło się do Kościoła ewangelicko – augsburskiego.
Niszczono świątynie, cmentarze ewangelickie. Dochodziło również do profanacji miejsc świętych. Takie zdarzenie odnotowano w 1966r. w Biskupcu, gdzie zbezczeszczono ołtarz. W nocy z soboty na Niedzielę Palmową nieznani sprawcy włamali się do kościoła ewangelicko – augsburskiego i dokonali dużych zniszczeń: połamali krzyż, zdewastowali ołtarz, zniszczyli obrusy ołtarzowe, powyrywali instalację elektryczną. Ukradli z kościoła dwa świeczniki, które w czasie ucieczki porzucili nieopodal świątyni.”
Administrator parafii w Biskupcu Reszelskim ubolewał, że […] kościół niszczeje, okna wybite, drzwi rozbite a w obrębie 10km nie ma wiernych. Na nabożeństwach od kilku do kilkunastu obecnych.
Za rządów bpa Józefa Drzazgi władze państwowe uregulowały problem własności obiektów sakralnych na mocy ustawy uwłaszczeniowej z dnia 23 czerwca 1971 roku. Wówczas 182 kościoły poewangelickie zostały wpisane do ksiąg wieczystych jako katolickie. Ustawa ta otworzyła również drogę do nabywania następnych świątyń, nie było to łatwe, ponieważ wymagana była do tego zgoda władz państwowych.
Z aktu Notarialnego sporządzonego w dniu 22 maja 1978 roku wynika, że w Państwowym Biurze Notarialnym w Biskupcu stawił się ks. Wilhelm Józef Firla mieszkający w Sorkwitach. Działając jako administrator Parafii Ewangelicko – Augsburskiej w Sorkwitach posiadał pismo, które zawierało pozwolenie na zrzeczenie się prawa własności i nieruchomości położonej w Biskupcu przy ul. Warszawskiej 17 , na której znajduje się kościół.
W imieniu Parafii Ewangelicko – Augsburskiej ks. W. Firla zrzekł się własności nieruchomości na rzecz Skarbu Państwa. Jak wynika z treści do aktu dołączono pismo wojewody Olsztyńskiego z 13 kwietnia 1978 roku zawierające zgodę na zrzeczenie się prawa własności nieruchomości.
Najwięcej nowych parafii utworzył w okresie od 1986 roku do marca 1992 roku bp Edmund Piszcz, stało się tak po ogłoszeniu ustawy z 17 maja 1989 roku o stosunku państwa do Kościoła Katolickiego w Rzeczpospolitej Polskiej, przywracającej Kościołowi osobowość prawną i swobodę w wypełnianiu posługi duszpasterskiej oraz administracji obiektami sakralnymi.
Trwały starania o wykup dalszych świątyń poewangelickich, w tym również kościoła znajdującego się w Biskupcu. W notatce, która napłynęła do Kurii Biskupiej z dnia 16 grudnia 1986 roku jest napisane, że Dyrektor Wydziały do Spraw wyznań Urzędu Wojewódzkiego w Olsztynie w rozmowie z ks. Prałatem Moderatorem Kurii Biskupiej Diecezji Warmińskiej i Wikariuszem Generalnym ks. dr Jerzym Podoleckim powiedział, że przekazanie kościoła poewangelickiego w Biskupcu do kultu katolickiego może nastąpić pod warunkiem wybudowania przez Kościół biblioteki dla miasta. Dodał również, że w planie inwestycyjnym w latach 1986 – 1990 jest zgłoszona budowa nowego kościoła parafialnego. W odpowiedzi na to pismo bp Edmund Piszcz zwraca się do Pana Wojewody podtrzymując gotowość zakupu kościoła ewangelickiego lub przejęcia w użytkowanie wieczyste na cele kultu doceniając potrzebę biblioteki dla miasta pisze, że gotów jest skierować do wiernych zachętę aby składali się na fundusz budowy biblioteki i sam gotów jest na wskazane konto wpłacić. Biskup pisze również, że jeśli nie dojdzie do skutku wykup kościoła podtrzymuje wniosek o budowę w Biskupcu nowego kościoła.
Kuria Biskupia Diecezji Warmińskiej w piśmie z dnia 1 października 1987 roku zwróciła się do Ks. dr Kardynała Prymasa Polski, w którym bp Edmund Piszcz informuje, że Diecezja Warmińska wykupuje kościół poewangelicki, w którym zostanie utworzona druga parafia katolicka. Prosi również o pozwolenie na tytuł kościoła Bł. Karoliny Kózkówny Dziewicy i Męczenniczki.
Jak wynika z korespondencji między Kurią Biskupią a Urzędem Wojewódzkim – Wydziałem do Spraw Wyznań, Dyrektor Wydziału nie zgłasza zastrzeżeń przeciw utworzeniu parafii Kościoła Rzymskokatolickiego.
W dniu 19 listopada 1987 roku została zawarta umowa dotycząca oddania gruntu w wieczyste użytkowanie i sprzedaż obiektu znajdującego się przy ul. Warszawskiej 17. W umowie tej stronę Skarbu Państwa reprezentował Kierownik Wydziału Geodezji Urzędu Miasta i Gminy w Biskupcu, natomiast stronę Kościoła reprezentował ks. Rajmund Siudziński działający w imieniu Parafii Rzymsko – Katolickiej pod wezwaniem św. Jana Chrzciciela. W umowie czytamy, że decyzją z dnia 25 października 1987 roku przedłożoną do umowy Kierownik Wydziału Geodezji i Gospodarki Gruntami Urzędu Miasta i Gminy w Biskupcu postanowił oddać wymieniony grunt w użytkowanie wieczyste na 99 lat (licząc od dnia zawarcia umowy) Parafii i sprzedać jej znajdujący się na jej gruncie kościół.
Budynek kościoła został wykupiony przez Parafię Rzymsko – Katolicką i przeszedł na własność Parafii p.w. św. Jana Chrzciciela .
Teren wokół kościoła na którym znajdował się cmentarz ewangelicko – augsburski decyzją z dnia 7 marca 1980 roku miał być przeznaczony na park miejski. W uzasadnieniu czytamy, że w dniu 24 sierpnia 1979 roku zarządzeniem Zastępcy Naczelnika Miasta i Gminy w Biskupcu cmentarz zostaje zamknięty ze względu na to, że nie był wykorzystywany. Od 25 lat nie dokonywano na tym cmentarzu pochówków.
Pięć lat później 2 grudnia 1992 roku w Kancelarii Notarialnej w Biskupcu sporządzono umowę darowizny między ks. Rajmundem Siudzińskim, który reprezentował Parafię św. Jana Chrzciciela a ks. Leszkiem Kuczyńskim występującym w imieniu Parafii bł. Karoliny. W umowie czytamy, że ks. R. Siudziński w imieniu Parafii św. Jana Chrzciciela przenosi nieodpłatnie własność nieruchomości na rzecz Parafii bł. Karoliny. Natomiast ks. L. Kuczyński oświadczył, że darowiznę tę przyjmuje.
Kiedy w listopadzie 1987 roku budynek kościoła został przekazany parafii katolickiej rozpoczął się remont. Kościół był w bardzo złym stanie. Ks. Leszek Kuczyński wraz z parafianami rozpoczyna pracę. Najpierw trzeba było zabezpieczyć okna, naprawić drzwi, założyć chociażby prowizoryczne oświetlenie, wyłożyć czymś podłogę. Do prac remontowych przychodzą wierni.
Do Pasterki świątynia była sprzątnięta, otwory okienne pozabijane płytą. Podłoga została wyłożona płytami chodnikowymi. Kościół został przygotowany do uroczystości poświęcenia kościoła.
W grudniu została zorganizowana zbiórka pieniężna, która pozwoliła na zakup najpotrzebniejszych szat i naczyń liturgicznych.
Ks. bp Edmund Piszcz Administrator Apostolski Diecezji Warmińskiej ufundował dla parafii kielich papieski jako dar Ojca Świętego Jana Pawła II z racji II pielgrzymki do Polski i II Kongresu Eucharystycznego.
Podczas wakacji 1988 roku rozpoczyna się adaptacja salek katechetycznych z pomieszczeń, które miały być przeznaczone przez władze świeckie na kotłownie.
W Kronice parafialnej pod datą 14 listopada zostało odnotowane założenie pierwszych trzech okrągłych okien.
Po objęciu parafii przez księdza Józefa Świechowskiego 7 lipca 1994 roku rozpoczęły się prace remontowe kościoła pod kierownictwem Andrzeja Gołowicza. Przy pracach pomagali również parafianie wykonując prace związane z założeniem elektryczności, nagłośnieniem kościoła. We wrześniu świątynia miała wykonany drewniany sufit, zakrystie, odbudowane prezbiterium, odnowiony chór.
W grudniu przed Bożym Narodzeniem kościół został wyposażony w nowe ławki a od 1 lutego 1995 roku rozpoczęto pracę przy zakładaniu nowej posadzki. Wiosną tegoż roku ukończono posadzkę oraz ustawiono nowy stały ołtarz a w maju zostało zakupione tabernakulum.
Wielkim wydarzeniem w życiu parafii było ufundowanie dzwonu przez Państwa Zofię i Waldemara Jodko. Dzwon został poświęcony w dniu 1 czerwca 1996 roku przez ks. bp Jacka Jezierskiego.
W 2010 roku w kościele zostały zamontowane organy, których poświęcenia dokonano 18 listopada 2010 roku podczas uroczystości odpustowych ku czci bł. Karoliny.
Fragment pracy dyplomowej p. Bożeny Pawłowskiej
"Dzieje parafii bł. Karoliny dziewicy i męczennicy w Biskupcu"
Olsztyn 2010, ss.15-33.
