Po zakończeniu działań wojennych Biskupiec tak jak większość miast był bardzo zniszczony. Rzeczywistość taka dotyczyła również kościoła św. Jana Chrzciciela, w którym skupiało się życie religijne katolików. W Biskupcu Reszelskim starosta powiatowy Stanisław Watras zwrócił się pismem z 12 września 1945 r. do pełnomocnika RP na Okręg Mazurski o przydzielenie kościoła ewangelickiego ludności katolickiej.

Do 1772 roku protestantom nie wolno było osiedlać się w granicach Warmii na stałe. Wolno jej było przebywać w granicach biskupstwa przez jeden rok i jeden dzień. Ograniczenie to zostało zniesione z chwilą zaboru Warmii przez Prusy. Leżący na pograniczu Mazur Biskupiec był jednym z pierwszych miast Warmińskich, w których osiedlili się protestanci. Szczególnie duży napływ zaznaczył się w latach 1780 – 1790, kiedy w pobliskim Rudnie powstała duża przędzalnia i tkalnia lnu.
 

Powołanie Dekanalnego Sanktuarium Matki Bożej Fatimskiej.
W dniach od 2 do 9 maja 1998 roku w parafii odbyły się Misje Święte, które miały przygotować parafię Błogosławionej Karoliny Kózkówny do ogłoszenia Sanktuarium Fatimskiego. Misje prowadzone były przez Ojców Pallotynów z Sandomierza, o. F. Gomułczaka i o. M. Krzywoń.